以科斯理论为代表的新制度经济学，是由威廉姆森最先提出来的。它既有别于旧的制度经济学，又有别于加尔布雷思为代表的新制度经济学。其主要代表人物为科斯、威廉姆森、阿尔奇安、德姆塞茨、诺斯及张五常等人。这一学派运用新古典经济学的逻辑和方法去分析制度的构成和运行，并发现这些制度在经济体系运行中的地位和作用，把自身的理论视为对新古典经济学的发展，使新制度经济学成为“本来就应该是的那种经济学”(科斯，1994)。新制度经济学对古典经济学的发展体现在以下几个方面。

关于人的行为假设。新古典经济学认为，经济人的行为是完全理性的、经济人是追求自身利益最大化的。而以科斯为代表的新制度经济学派则主张经济学应该研究现实中的人，应该从现实的组织体制出发，从人的实际出发来研究人。新制度经济学派从两个方面修正了新古典经济学：(1)人的行为是有限理性的。(2)人都具有为自己谋最大利益的机会主义行为倾向。

关于研究领域的拓展。新制度主义经济学派把新古典经济学的基本方法运用于研究制度结构，包括法律、企业组织、社会文化等，并引入了交易费用、产权等理论。他们修正了新古典经济学的零交易费用的假定，认为如果所有的交易成本为零，那么，不论生产和交换活动怎样安排，资源的使用都相同。这种从零交易费用假定到正交易费用假定的修正，使经济学的研究更接近于现实。这种应用现代经济学的方法研究制度问题，拓展了新古典经济学的研究领域。

除此之外，新制度经济学在研究经济组织制度的时候保留了新古典经济学的三个基本要素：稳定性偏好、理性选择模型和均衡分析方法。不过新制度经济学对新古典经济学的保护作了修正：即主体的环境约束问题、主体所拥有的信息问题和主体与客体问相互作用的方式问题。在此基础上再引入新的变量，如信息、交易成本、产权约束和政府行为干预等，从而形成了新制度经济学发展的方法论基础。原有的新古典经济学的方法在这里得到了一般化的应用。